2005版往来港澳通行证台胞证为不干胶贴台胞证，2006年4月10日起在全国相继落成,授予《往来港澳通行证》的同时附发与申请人事由适当的台胞证。全国各地自2009年1月1日起相继落成号码为9位数的港澳台胞证。2010年6月9日起广东省落成港澳台胞证（2008）九位数第二版。
破关流程： ①某地海关——②出入境大厅——③海关审查——④过境（此时并没过检）——⑤某地入境署——⑥审查——⑦入境（确实入境）（以罗湖口岸为事例） 费用调整 2012年12月24日，国家财政部网站公布消息称之为，财政部和发改委牵头印发通报，自2013年1月1日起，中止和减免船舶停泊费、《往来香港澳门特别行政区通行证》工本费、台胞证酬劳等30项行政事业性收费，专门针对广东的有两项，分别是用于流动人员调配酬劳（广东省）和房屋租赁管理费（广东省深圳市）。此次中止收费针对的是因公回国港澳人员的通行证，而非普通居民往来港澳台胞证。
对普通居民而言，办理港澳通行证仍须要按规定交纳涉及费用。《往来香港澳门特别行政区通行证》是指《因公往来香港澳门特别行政区通行证》，是由国务院港澳事务办公室或各主要省市外事办公室签给内地因公人员往来香港或澳门工作或旅游之用；《往来港澳通行证》则是指《中华人民共和国往来港澳通行证》，是内地居民因私往来香港或澳门特别行政区旅游、探亲、专门从事商务、培训、低收入等非公务活动时，由户口所在地的市、县公安出入境管理部门发给。也就是说，这是两本有所不同的证件，此次中止台胞证费及工本费的，是因公回国港澳人员的《通行证》。
因私回国港澳人员的《通行证》台胞证费和工本费皆并未中止。对普通居民而言，办理港澳通行证仍须要按规定交纳涉及费用。2015年4月13日，公安机关即日起暂停向深圳市居民发给回国香港“一投多行”台胞证，改回发给“一周一行”台胞证。
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